ただ単に.htaccessファイルの問題かもしれません。
何を隠そう筆者もこのトラブルで導入を諦めるところでした。
その上、機能しないのはプラグインのせいだと決めつけるところでした。
トラブルは.htaccessファイルが基本形になっていないのが原因で起きていました。
最初からマルチサイトになっていれば、このトラブルは起きないはずです。
Codexのサイトに行って基本形を拾い、従来のものと差し替えてみましょう。
このプラグインは本当に優れもので、筆者のブログのような運営をしている場合には
固定ページやカスタム投稿タイプのパーマリンクを訳の分からないような文字や記号の並びにしないで済みます。
しかも検索エンジンに載っている変更前のURLでもデットリンクにはなりません。
評価☆一つとか二つにしている人は、きっとトラブルが解決できなかったんでしょうね。
筆者は100点満点だと120点は付けたいプラグインだと思います。