あくまでも私見ですが、これはjQueryとprototypeによるコンフリクトが原因ではありません。
はっきり言って、これはブラウザ側つまりFirefoxが問題なのです。
筆者自身この問題には以前に遭遇しており、解決策も書いておりました。
その記事を読んでもらっても良いのですが、ここにもう一度書いておきます。
メニューバーのヘルプより「トラブルシューティング情報」を選択すると、
「Firefoxをリセット」というボタンがあるので、それをクリックします。
問題はたったこれだけの操作で解決されます。
したがって、「Lightboxの使用を諦めなさい！」なんていうアドバイスは間違っています。
検索しても意外とこの情報は載っていないから不思議だ。

こういった具合に偉そうに書いていますが、筆者自身以前に書いていた解決策をすっかり忘れていて、
他の解決策をひねり出すために悪戦苦闘しておりました。
ここで、ひとつ疑問に思うことがあります。
Firefoxを使っている人の中に、リセットを必要としていることに気付く人はどれぐらいいるのでしょうか。
気付かない人は、Lightboxが機能しないのはソースが間違っているかコンフリクトが原因だと思うでしょう。
事実、筆者もそうでしたし、この問題の解決策を検索しても多くの人がそう思っているのが分かります。
では、リセットが必要だと気付かない人にも問題なくLightboxが見られるようにする方法はないのか。
もし解決策があれば、本当はこちらの方を先に実行しておくべきではないのか。
問題の解決策を探る過程で、筆者はLightboxが個別ページだけでは問題なく機能していることに気付きました。
そこで、headタグ内の差異を調べた結果、あるjsファイルが影響していることが分かりました。
このファイルを読み込ませる一文を加えてみたところ、見事問題解決！
これは、筆者がWp Ajax Edit Commentsとうプラグインをインストールしていたから気付けたことだと思います。
色々と試してみた結果、このファイルは指定フォルダに存在していなくても大丈夫なようです。
興味のある方はソースを見て試してみて下さい。
ただし、Firefoxをリセットする前に実行して下さい。
そうでないと、この方法で問題が解決されるかの確認ができません。